Het bestuur van de kerk is in handen van de kerkenraad. In het geval van de Protestantse Gemeente Emmen Zuid wordt deze gevormd door de beide predikanten, Gerben Kajim en Jan Fischer, en door ambtsdragers. Deze ambtsdragers zijn door de gemeente gekozen vrijwilligers.
 
Een predikant kan in Emmen Zuid geen voorzitter zijn. Dat is een ouderling en op dit moment is dat Henk Brinkers. Zijn telefoonnummer is 673723 en zijn mail adres is henkbrinkers@gmail.com. Het secretariaat, in kerkelijke termen ‘scribaat’ genoemd. De scriba is Marry Witteveen en het mail adres is scribaat@emmen-zuid.nl. 
 
De ambtsdragers die samen de kerkenraad vormen, bestaan uit ouderlingen en diakenen. De diakenen samen vormen de Diaconie.  De voorzitter van de Diaconie is, André Bosma. Het telefoonnummer van André is 631435 en zijn mailadres is andrebosma@hotmail.nl.
 
Een administratieve taak van de kerkenraad is het bijhouden van de Ledenadministratie. Er wordt daarbij gebruik gemaakt van het Scipio registratie systeem.
Voor vragen en opmerkingen hierover kan men contact opnemen met de scriba’s van de kerkenraad of direct met de ledenadministratie. Het mail adres daarvan is ledenadministratie@emmen-zuid.nl
 
De voornaamste taak van de kerkenraad is het leiding geven aan de gemeente. Daarbij gaat het om:

• de zorg voor de dienst van Woord en sacramenten;
• het leiding geven aan de opbouw van de gemeente in de wereld;
• de zorg voor de missionaire, diaconale en pastorale arbeid en de geestelijke vorming;
• het vaststellen van het beleidsplan van en voor de kerkelijke gemeente;
• de zorg voor de financiële aangelegenheden van de gemeente;
• het onderhouden van contacten met andere kerken en geloofsgemeenschappen en het werken aan de oecumene;
• het bespreken van zaken die door de landelijke en regionale vergaderingen binnen de PKN worden of zijn behandeld;
• het vaststellen van de regelingen ten behoeve van het functioneren van de gemeente;
• het verrichten van alles wat verder naar de orde van de kerk van de kerkenraad wordt gevraagd.