Het bestuur van de kerk is in handen van de kerkenraad. In het geval van de Protestantse Gemeente Emmen Zuid wordt deze gevormd door de beide predikanten, Gerben Kajim en Jan Fischer, en door ambtsdragers. Deze ambtsdragers zijn door de gemeente gekozen vrijwilligers.
 
Een predikant kan in Emmen Zuid geen voorzitter zijn. Dat is een ouderling en op dit moment is dat Tiddo Mendelts. Zijn telefoonnummer is 677048 en zijn mail adres is t.mendelts@gmail.com. Het secretariaat, in kerkelijke termen ‘scribaat’ genoemd. De scriba is Boukelien Kersten en het mail adres is scribaat@emmen-zuid.nl. 
 
De ambtsdragers die samen de kerkenraad vormen, bestaan uit ouderlingen en diakenen. De diakenen vormen samen de Diaconie.  De voorzitter van de Diaconie is, André Bosma. Het telefoonnummer van André is 631435 en zijn mailadres is andrebosma@hotmail.nl.
 
Een administratieve taak van de kerkenraad is het bijhouden van de Ledenadministratie. Er wordt daarbij gebruik gemaakt van het Scipio registratie systeem.
Voor vragen en opmerkingen hierover kan men contact opnemen met de scriba van de kerkenraad of direct met de ledenadministratie. Het mail adres daarvan is ledenadministratie@emmen-zuid.nl
 
De voornaamste taak van de kerkenraad is het leiding geven aan de wijkgemeente. Daarbij gaat het om:

• de zorg voor de dienst van Woord en Sacramenten;
• het leiding geven aan de opbouw van de gemeente in de wereld;
• de zorg voor de missionaire, diaconale en pastorale arbeid en de geestelijke vorming;
• het vaststellen van het beleidsplan van en voor de kerkelijke gemeente;
• de zorg voor de financiële aangelegenheden van de gemeente;
• het onderhouden van contacten met andere kerken en geloofsgemeenschappen en het werken aan de oecumene;
• het bespreken van zaken die door de landelijke en regionale vergaderingen binnen de PKN worden of zijn behandeld;
• het vaststellen van de regelingen ten behoeve van het functioneren van de gemeente;
• het verrichten van alles wat verder naar de orde van de kerk van de kerkenraad wordt gevraagd.

Een overzicht van de namen en functie's van de 22 leden van de kerkenraad van de PG Emmen Zuid, per medio maart 2021 zijn:

NAAM	FUNCTIE	TAKEN
Andre Bosma	Diaken	Voorzitter Diakonie
Anja Kroes	Diaken	Secretares Diakonie
Bertus Veldman	Ouderling	Pastoraat
Boukelien Kersten	Ouderling	Scribaat
Corrie Oostmeijer	Ouderling	Jeugd
Derk Kuipers	Diaken	DABAR
Ed de Haan	Diaken
Elly Lensink	Diaken	Contactperoon ZWO
Gerben Kajim	Predikant
Gerda Habing	Ouderling	Pastoraat
Gerrit Jan Hietland	Diaken
Hennie Haan	Ouderling	Pastoraat
Iety Veldman	Diaken
vacature	Predikant
Janny Dijkstra	Ouderling	Pastoraat
Marten Kooi	Ouderling	Voorzitter Kerkrentmeesters
Martijn van Winden	Notulist
Nelly Miske	Ouderling	Leren & Vieren
Renny van der Werf	Diaken
Tanja Koster	Ouderling	Pastoraat
Tiddo Mendelts	Ouderling	Voorzitter
Wim van der Heide	Diaken

Met deze 22 namen hebben we niet alle ambtsdragers genoemd die lid zijn van de Protestantste Gemeente Emmen Zuid. Er zijn ook nog drie diakenen of ouderlingen die in de praktijk geen deel uit maken van de vergaderingen van de kerkenraad, maar die een bijzondere taak hebben buiten de gemeente.
Het betreft hier taken waarvan de kerkorde voorschrijft dat de mensen die deze taken uitvoeren ambtsdrager moeten zijn. Ouderling of diaken dus. In Emmen Zuid gaat het om de volgende personen en taken

• Dick Wieringa. Is diaken omdat hij voorzitter is van de Cvd, het College van Diakenen van de Protestantse Gemeente Emmen. En in deze positie maakt hij ook deel uit van het moderamen van de Algemene Kerkenraad.
• Peter Geudeke. Is ouderling omdat hij deel uitmaakt van een landelijk overleg in opdracht van de Synode van de PKN, de Protestantse Kerk Nederland.
• Rolf Mulder. Is ouderling omdat hij voorzitter is van de Algemene Kerkenraad van de Protestantse Gemeente Emmen